收到华大的基因检测报告
今天收到了华大的基因检测报告，父亲今年66岁，刚做完右肝+胆的切除，做了病理切片送去华大，现在收到报告，完全没有靶向药的建议，现贴出来，请大神们帮忙看看，感谢！帮顶，希望做过基因检测都将报告传上来，集思广益，看看有无可能找出共性 有没有和天津华大技术人员交流过？
报告第二页中“突变频率”是什么意思？
是指在你父亲身体DNA中这种变异的突变频率还是指在库中的频率？
我觉得基因检测就是这样的，有时候会发现某种指向性很强的突变，而其正好有对应的专属性靶向药
而这种概率是不高的，因为与癌症相关的基因突变太多，已开发的靶向药太少。
而化疗方案就比较多了，胆管癌二线治疗首选是化疗药物，你父亲刚刚手术，预防性化疗可能会起到事半功倍
的效果，他们也给出了方案，我觉得你应该考虑首先尝试低剂量化疗。
至于那几个基因突变，首先TP53是大名鼎鼎的，上世纪70年代就发现的抑癌基因突变，50%的癌症病人会有这种突变，是个有价值的突变，但是靶向药研究一直没有大突破，APR-246是一种去年欧洲批准的用于这种突变的孤儿药，好像是建议与化疗联合使用。不容易弄到。
剩下的两个突变，可用信息就更少了，数据库里记录相当少，说明也不是热点基因
这种突变可能仅仅在实验室有些研究意义，临床针对性的药物估计是没有的。
我觉得目前基因检测，精准治疗听起来很高大上，实际效果并不如人意
报告可以告诉你答案，却不能提供有效方案
因为各大医药公司针对某种特定癌症的海量基因数据他们应该已经做过了
在靶向药立项开发之前就已经做过
否则便不能控制研发风险，几十亿研发经费打水漂
只有确定某种高频突变，而且确定这种突变与某类癌症有联系，他们才会立项开发。
胆管癌肯定也被从基因层面研究过多次，没有结果罢了
本帖最后由 keybook 于 2016-6-2 14:24 编辑
感谢Viveer这么热心的看我爸的报告，华大的客户经理解释说突变频率好像是说TP53在身体的基因突变比率，高于5%的突变，就算是显著突变，我这两天也在看我爸的后期治疗方案，首先化疗中山肿瘤的医生并不建议做，因为肝部对化疗的反映不好，有效率大约30%左右，所以我们准备用CTC+CT先做监测，然后看情况在来决定用药，PD-1应该是首选，因为我爸的EGFR没突变，而且是40多年烟龄的老烟枪，好像PD-1对这种情况有效率更高，APR-246临床已经完成二期的试验，对卵巢癌联合化疗的效果不错。
以下摘自丁香园【APR-246 是全新的、新类型 P53 蛋白激活剂，对 P53 失活或突变的患者均有效。由于 P53 突变的广泛性，APR-246 将会在多种肿瘤中得到应用。肿瘤的发生发展是由于正常细胞生长调控机制发生故障，大约 50% 的肿瘤存在对 P53 基因的抑制，导致肿瘤细胞缺乏 P53 蛋白，从而破坏了重要的细胞自杀机制。这就促使了肿瘤细胞的存活以及肿瘤的生长。APR-246 能够恢复 P53 蛋白的正常功能，从而有效的诱导肿瘤细胞死亡，还能克服其他抗肿瘤药物的耐药性。】
以下是NCBI的介绍【APR-246（也称为PRIMA-1 MET）处于临床开发的第一个化合物，其通过促 进其正确的野生型（wt）折叠，从而引发凋亡重新激活在肿瘤细胞中突变型p53。APR-的引线化合物246，PRIMA-1，最初是由贝科夫等人发现的。APR-246表现出一个阶段一个良好的安全性I / II期临床剂量探索对血液系统恶性肿瘤和前列腺癌和临床和p53依赖的生物反应研究中观察到的。一个阶段IbII APR-246与铂类为基础的治疗组合概念研究/ II证明，在复发性p53基因突变的高品位浆液性（HGS）卵巢癌，正在进行中。 以上的患者HGS卵巢癌进TP53突变96％。
APR-246 (also called PRIMA-1MET) is the first compound in clinical development that reactivates mutant p53 in cancer cells by promoting its correct wild-type (wt) folding, thus triggering apoptosis.The lead compound of APR-246, PRIMA-1, was originally discovered by Bykov et al.APR-246 showed a good safety profile in a Phase I/II clinical dose-finding study on hematological malignancies and prostate cancer and both clinical and p53-dependent biological responses were observed. A Phase Ib/II Proof of Concept study with APR-246 in combination with platinum-based therapy, in patients with recurrent p53-mutant high-grade serous (HGS) ovarian cancer, is ongoing. More than 96% of patients with HGS ovarian carcinoma carry TP53 mutations.】
无论如何，起码这是一个有指标的靶点，华大经理也建议在最后关头可以尝试，
所以我有个不成熟的方案，请各位大神帮忙看看，现在用CTC+CT检测复发，如果发现有问题，看看能不能用手术的方法解决，如果手术不行，就去看看上海的质子实验室可不可以处理，然后准备上PD-1，PD-1无效后看看能不能用化疗+APR-246
现在有些疑惑想请教各位前辈，2992和184这类的靶向药应该还可以上的吧？可以和PD-1联合用药吗?基因和靶向药之间的关系，真的很难理解，还得找多些资料来啃，真是路漫漫啊！
各位有什么建议或者批评，请多多指出，感恩，感谢！ 本帖最后由 viveer 于 2016-6-2 16:52 编辑
1、没有医生会建议术后预防性化疗，特别是外科医生，他们从书本上大概知道放化疗对于胆管癌不敏感，
但实际上化疗对于胆管癌仍然具有非常大的意义
要不然也不会被指南认定为标准一线治疗方案
化疗的一线治疗失败以后，指南才建议尝试化疗联合靶向，如gemox+特罗凯，注意只是尝试
靶向药并未受到权威主流的肯定，包括我见到的秦叔逵
以前深蓝在胆管癌里的群里，那个群很多病友均表示化疗是有作用的
而在术后预防的早期阶段，化疗可能有格外的意义
不过既然中山肿瘤科不建议，你需要自己决定。
2、EGFR基因不突变，那么免疫组化呢？EGFR基因和EGFR免疫组化结论是否保持高度一致性？
这个我也不懂，所以你需要问问华大的专家：做了基因检测之后需要再做一个免疫组化吗？
是不是EGFR基因几个外显子不突变，免疫组化中EGFR是否就一定是阴性？
从greg家来看，他家EGFR后面有+号，如果上述观点成立，那么显然他家EGFR基因有突变，
2992或者特罗凯应该是有效的，但事实证明相反
唐朝家做了基因测试，EGFR基因是不突变，但是2992有效。
3、靶向药方面，其实和基因测试、免疫组化的关系真的不是太大
也有可能是目前的检测水平，也可能是取得的小病理标本量的原因，也有可能是胆管癌的原因
从唐朝、greg的情况你也可以看出来
2992和184这类的靶向药，以实际效果来定。
4、上海质子那个好像不能做胆管癌吧
同时我觉得，胆管癌迟早会复发，局部治疗真的永远打不完，这个病应该以全身治疗为主
5、你自己想的治疗流程也蛮好的，特别是pd-1
胆管癌是不折不扣的“癌王”
做什么样的治疗，怎么治，包括治与不治
这些都需要你自己决定，谁也不能说这个一定有效那个一定无效
即使其他病友有效，套到你家人那里说不定也无效
总之，治就治了，后果怎么办，都是不可预知的，不要想太多 转帖唐朝家的基因报告，有个比较
他家是CDKN2A缺失、ARID1A突变、ERRFI1突变
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前段时间，我爸做了基因检测，二代测序。虽然很多前辈和大神都说胆管做检测意义不大，我还是做了。主要考虑：1、大神们不建议做，一个重要原因是没有针对性用药。但靶向药本来就是以基因为依托，不依赖于特定病症，我理解就是广谱，说不定就能试出一条路来。2、我爸现在有耐药倾向，想把原来的基因变化搞清楚，看除了E、V、CMET这些点之外，还有哪些可以着力的靶点，同时也为下一步做CTDNA提供对比。3、最主要的原因，免费，呵呵。
报告显示，一些主要的肿瘤靶向基因，比如EGFR、KRAS等等，我爸都是野生。之前我以为我爸2992、299804效果比较好，多半E点有突变，检测结果有点出乎我意料。报告最终检测出了三个有意义的基因缺失和突变：CDKN2A缺失、ARID1A突变、ERRFI1突变，但都没有特定的靶向药。
CDKN2A 基因编码两种不同且不相关的肿瘤抑制蛋白，p16 INK4a 和p14 ARF1,2 。p16 INK4a 蛋白可以结合并抑制 CDK4和 CDK6 的表达，从而维持肿瘤抑制因子 Rb 的作用。p16I NK4a 缺失或失活可使 CDK4/6-cyclin-Rb 信号通路异常，导致细胞周期调节失控 3,4 。p14 ARF 可部分通过抑制 Mdm2 参与p53 的稳定和活化，通过抑制Mdm2 从而调控p53介导的细胞周期阻滞和凋亡 5,6 。TCGA 数据库（2016 年，cBioPortal）显示，CDKN2A 基因在胆管癌中的缺失比例为 6%。目前没有针对 CDKN2A 基因变异的药物。p16 INK4a 缺失或失活可能对 CDK4/6 抑制剂敏感，CDK4/6抑制剂帕博西林已被 FDA 批准用于 ER 阳性且 HER2 阴性的乳腺癌的治疗。在体外细胞和体内小鼠模型中，帕博西林可以选择特异敏感地抑制 CDKN2A 缺失肿瘤细胞的增殖 7,8,9,10,11,12,13 。帕博西林用于 CDKN2A 缺失突变的转移尿道上皮癌已经进入临床试验（NCT02334527）。
ARID1A 基因编码一种重要的染色体重塑蛋白，是 SWI/SNF 复合物的亚基 14 。ARID1A 是一种抑癌基因，体外实验结果显示将 ARID1A 基因沉默后可以促进细胞增殖和克隆形成能力 15,16,17,18 ，损害细胞分化18 , 19 ，减弱细胞
凋亡 20 。ARID1A 突变与肿瘤的预后差相关17 , 21 。TCGA 数据库（2016 年，cBioPortal）显示，ARID1A 基因在胆管癌中的变异比例为 13%到 27%。Q2207Vfs*17 变异使 ARID1A 基因第 2207 位编码子谷氨酰胺变为缬氨酸，且在新阅读框第 17 个编码子提前终止编码，导致蛋白截短。目前尚无 FDA 批准靶向于 ARID1A 的药物。体外实验表明，ARID1A 敲除的肿瘤细胞对离子辐射、顺铂和 UV敏感 22,23 。体外细胞和小鼠体内实验显示，ARID1A缺失的肿瘤细胞对PARP抑制剂敏感性增强 24 。ARID1A 基因缺失后，PARP 抑制剂（Veliparib、Olaparib、Rucaparib、BMN673）促进细胞凋亡的能力增强24 。PARP 抑制剂奥拉帕尼已经被 FDA 批准用于 BRCA1/2 突变的卵巢癌。ARID1A 缺失肿瘤细胞对 PI3K 抑制剂（Buparlisib）和 AKT 抑制剂（MK-2206 和Perifosine）的敏感性增强 25 。AKT 抑制剂 AZD5363 和奥拉帕尼联用用于 ARID1A 突变的实体瘤已经进入临床 II 期试验（NCT02576444）。ARID1A 低表达与 PI3K/mTOR 信号通路激活相关 26 ，体外细胞实验显示，ARID1A 缺失突变的细胞系对 mTOR抑制剂 AZD8055 和AKT 抑制剂MK2206 高度敏感 27 。mTOR 抑制剂依维莫司已经被 FDA 批准用于多种肿瘤的治疗，坦罗莫司被批准用于肾癌的治疗。
ERRFI1 基因又称 MIG6，编码 ERBB 受体抑制蛋白。ERRFI1 在 EGFR 依赖的皮肤胚胎形成 28,29 和子宫的类固醇激素反应 30 中起着负调控作用，是一个抑癌基因28 , 31 , 32 。ERRFI1 通过直接与 EGFR、 ERRB2、ERRB3 和 ERRB4蛋白的激酶结构域相结合来发挥内源抑制作用 33 , 34 ，也可以通过内吞作用溶酶体降解 ERBB 受体 35 。小鼠体内ERRFI1 基因被同源干扰后，可以诱导上皮细胞增生和腺瘤形成，并自发性地生成肺腺癌、胆囊和胆道肿瘤 36 。ERRFI1 基因缺失后，可以激活 EGFR 信号通路32 。TCGA 数据库（2016 年，cBioPortal）显示，ERRFI1 基因在胆管癌中的变异比例不到 1%。Y341Qfs*20 变异使 ERRFI1 基因第 341 位编码子酪氨酸变为谷氨酰胺，且在新阅读框第 20 个编码子提前终止编码，导致蛋白截短。动物实验结果表明，EGFR 抑制剂吉非替尼能够逆转致癌因子诱导的 ERRFI1 缺失小鼠表皮的增厚及异常增殖29 。
上面三段话是报告的主要内容和分析。这里面三个基因，从我之前看到的资料和咨询掌握情况看，第一、第二个基因是2014年中外科学家检测出的胆管癌的八大驱动基因里面的两个，第三个基因的下游算是EGFR通路。特别是第三个基因，我咨询的基因公司专家给我解释说，虽然不是直接的EGFR突变，但他的下游是最重要的EGFR通路，EGFR抑制剂也会起一定作用，但因为EGFR通路里面又包含了十多条重要的通路，因此较为容易导致旁路激活，使得靶向药失效。这也算部分解释了为什么我爸吃E点药有效，但只经过了几轮、累计大概3个月时间就出现了E点耐药倾向的困惑。第一个基因，有针对性的用药，帕博西林，靶点CDK4/6，目前批准是针对乳腺癌的，现在也在做其他肿瘤的临床。对这个药，我准备首先上，期待其有效。第二个基因，稍微复杂一点，报告显示有几个要点：1、TCGA 数据库（2016 年，cBioPortal）显示，ARID1A 基因在胆管癌中的变异比例为 13%到 27%。这个变异比例相当高了，这个基因说不定真有文章可做。2、ARID1A 低表达与 PI3K/mTOR 信号通路激活相关，而且对这条通路的抑制剂较为敏感。看到过资料，基因PI3KCA及Akt1在人胆管腺癌中高表达，PI3KCA可能通过PI3K/Akt信号通路调节胆管癌的恶性行为，而且PI3KCA突变也是E点耐药机制之一。下一步可以尝试PI3K 抑制剂120和Mtor抑制剂依维莫司。当然，依维莫司免疫抑制作用比较大，用不用再说。AKT抑制剂现在国内还没有，只有去找找国外有没有了。3、ARID1A 基因缺失后，PARP 抑制剂（Veliparib、Olaparib、Rucaparib、BMN673）促进细胞凋亡的能力增强 。可以试试PARP 抑制剂奥拉帕尼。4、体外实验表明，ARID1A 敲除的肿瘤细胞对离子辐射、顺铂和 UV敏感。虽然体外实验和临床差别非常大，但对放化疗敏感也算是留了一线希望，如果靶向耐药还可以试试通过放化疗来复敏。 楼主，我现在也有做基因和免疫组化的想法，
现在基因检测公司特别多，你们为什么找到的天津华大这家公司的呢？怎么选择呢？
唐朝和前方坦途好像是上海的3Dmed公司，因为是免费的，协和精准治疗组的，水平应该也不差
还有几个问题您能不能帮我问问华大的专家
1、我父亲的手术蜡块已经超过9个月了
听说免疫组化，手术切片超过半年就会脱敏，原来表达阳性的就会变成阴性
基因检测是不是也有同样的问题？
2、如果不行，需要从蜡块上重新切片吗？
另您能否私信基因检测费用和流程？是不是把切片快递给他们就可以了？网上付款吗？
thanks! 本帖最后由 keybook 于 2016-6-3 09:20 编辑
viveer 发表于 2016-6-2 18:00
楼主，我现在也有做基因和免疫组化的想法，
现在基因检测公司特别多，你们为什么找到的天津华大这家公司的 ...
流程和费用我简述一下，我就是直接去华大官网上询问的，然后华大的区域经理就跟我电话联系了，选择华大也是因为群里的朋友推荐，说他是二代测序，会精准很多，我是做的那种全面的检测，测了508个基因，费用听说是全国统一价格15800，大约的流程流程就是这样。
我刚打电话问了您有关切片的事情，他说最好是3-6个月以内的，9个月到一年以内也是可以的，但是在这期间最好是没有使用过靶向药的，因为靶向药就是改变基因的药，如果吃了靶向药，现在的基因，和之前病灶的基因是不一样的，这样就不准了。
我们测出来以后，华大的专家也建议我们做一下免疫组，特别是PD-1的免疫组，我准备下周复查的时候顺便把免疫组检测做了，有关化疗，我在跟我爸商量一下，感谢您的建议，谢谢！ 刚刚那个经理又来电话里了，说如果用过靶向药，只能通过血浆检测，血浆检测更贵而且不准确，费用大概是19800。