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Tracking the genomic evolution of esophageal adenocarcinoma through neoadjuvant chemotherapy; L- a; i H$ |8 o8 w5 |# o
Cancer Discov. Aug 2015 . ~; U* y" P+ k* t! w$ a
摘要
8 y1 ^! P0 S/ O- K) M8 ~0 h- ^& X ^1.文章展示了食管腺癌(EAC)的进化频谱,表现为复杂的驱动突变、平行进化以及基因组加倍
' M, D7 |$ ^5 D, }3 n$ G2.阐明异质程度与新辅助治疗(NAC)疗效的相关性:异质性低的宿主,NAC疗效更好
5 c) \" i1 h9 R8 W3.多部位测序(M-seq)显示:CTT区域的T>G突变随着肿瘤进化显著减少;含铂的NAC会增加CpC区域的C>A突变 " Z) s% [* `* U# D7 T* [
4.基因组不稳定性是EAC进化的早期事件,会导致化疗过程中产生可靶向的原癌基因扩增,为未来的治疗方案提供理论基础 6 ^5 s8 a$ i& \" ~
背景 1 x8 ~9 Z1 g8 h. c$ Y5 D
1.食管癌预后不良,过去20年EAC在西方国家的患病率显著上升 % U3 d0 V: R; D! J0 ]. ^4 {# F
2.手术前NAC治疗能够改善患者预后,但是50-60%的肿瘤对治疗耐药
4 H I4 f' J: }" `, w3.对单个肿瘤多部位的M-seq数据进行进化分析,可以区分存在于所有部位的早期突变
& n' v1 A0 d2 y
' x$ X x/ j {2 b: ]& N
Multi-tumor regions , \) U/ S4 G G
方法
& X( I0 ]' O9 U2 |4 ^
5 k% ~9 K4 [( q' Z/ a- A6 m结果——体细胞突变的瘤内异质性
; K' {5 c" L) a/ E8 [; T/ j
以EAC005患者为例
3 |5 ?& @4 ]" y7 i5 E' R对NAC前后的突变频谱进行进化分析(parsimony ratchet method),可将突变分为四类:
2 R! h& p( z3 i( e# `& O1.主干(蓝色,ubiquitous)突变:存在于肿瘤组织的所有部位 & K+ G4 m$ |0 v4 x) z- n! G' H) g* G
2.共享(橙色)突变:存在于1个以上的部位中
% x `+ ~$ }, s5 J2 e' D$ h. ~3.NAC前的独有(红色)突变:仅存在NAC前的1个部位 ( y) r- ~8 |5 X. w& W
4.NAC后的独有(绿色)突变:仅存在NAC后的1个部位
; O( d; x' {; A1 c6 i+ M/ |8 {* t% i- @后三类均属heterogenous突变
2 Z8 L+ ?& ~9 K1 z/ P4 L
0 ~' p2 G" o, l: j( F% t3 f+ m
其余7例患者的进化分析
# x( b5 A: ]# L
' b+ G' j( |' z3 N; m) k/ E. S异质程度与新辅助治疗(NAC)的疗效相关:化疗前异质性越低的宿主,NAC疗效越好。 & e5 e* `; B% M( n
! @; M$ @7 c; W; M6 P8 Z1 E
为了定量分析肿瘤细胞中的SNVs,作者整合了三个变量(拷贝数,VAF和肿瘤负荷)来计算Cancer Cell Fraction (CCF),并且将SNV进行聚类。 , x. p3 f8 l# w0 _* A- {
8 {! l" y3 H3 w( Z: I/ x结果显示: 8 d% `% G/ @% e6 M5 w# e; k8 Q
1.单一部位取材不能准确分析克隆频谱,因为一些热点突变仅存在于某个部位且显示出高CCF,如EAC001患者中的SLC39A12 pA44E突变
/ n, S- C$ ~+ W/ i. U2.通过不同部位的共享突变位点个数,可以判断部位间的空间距离,如EAC001患者的R2离R1比R4更近 + u) C! T+ x* e. j+ }* o
3 v8 F& M, q0 A1 UM-seq结果还显示EAC样本中还存在大量的拷贝数变异
( d" K- M& @6 n$ `1 N/ ^2 C: h1.超过40%的变异来自于扩增(A),说明基因组扩增是肿瘤进化的早期事件
# N; c; D" X( p `2.通过与TCGA中ESCA的数据进行比对,发现有15个片段在至少一个肿瘤中存在扩增。这些片段大多对应可作为靶点的原癌基因。 3 z# Z$ a0 C, q2 t: G
结果——突变频谱的时空解析
1 L% M, V+ }, H0 @0 B' S: r
* W7 G9 A* G' k8 _; r# u; U5 U
Trunk代表早期突变;Branch代表晚期突变
# L$ r# z) R `! w/ }结果显示: T>G突变随着肿瘤进化显著减少 % ]; U/ y5 w: l
& n* U3 M6 k: x+ R |9 y) b
接受含铂药物的NAC治疗会产生特异的分子标签, C>A突变增多 , Y* K% U: R2 ]$ H. a- o1 ?; O! L
# D& j& x7 i3 E3 x
本文从时间(新辅助前后)和空间(多部位测序)两个维度对食管癌的分子进化图谱进行了阐述和解析。
! ~ h: c( `+ C2 R1 I讨论# x- z6 }% D, l# q
1.EAC的单样本检测会低估肿瘤异质性和突变负荷。虽然M-seq检测到的总突变中位数远高于单个部位检出的突变,但仍然只检到肿瘤的局部
/ U l) G1 o3 H; U! K1 w! K9 w! P2.基因组扩增和TP53、CDKN2A等抑癌基因的突变是EAC的驱动事件 1 P) U! N* e5 |7 I
3.原癌基因的扩增普遍存在且不受含铂药物的干扰,但有可能成为新药物靶点 9 ?/ g0 i8 E- n
4.NAC的纵向实验可能进一步解析瘤内异质性与细胞毒反应及复发的关系,用来预判治疗耐药以降低治疗的医源性影响 0 `4 ?0 q0 T# ]! M2 |
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